За подобряването на екологичния статус на територията на ЗЗ Бургаско езеро с отчетени замърсявания на околната среда се предприемат действия, чието комплексно влияние ще се отрази върху подобряване на жизнената среда, чрез подобряване на качеството на живот на населението, достигане на европейските екологични стандарти и запазване на богатата природа при устойчиво управление на ресурсите.
В сферата на околната среда основните мерки ще са насочени към подобряване на екологичната обстановка и обезпечаване на здравословна среда, съхраняване и възстановяване на застрашени екосистеми, екологосъобразно използване на природните ресурси, реализация на интегрирани проекти за управление на отпадните води, генерирани от населените места и земеделците в района на Бургаските езера, като първа стъпка към ограничаване негативните последици от антропогенните дейности върху живота и разнообразието на уникалните животински видове и съобщества, обитаващи езерните води.
